En tant que musée des Forces armées canadiennes, la mission du Musée est d'accroître le sentiment d'appartenance et l'esprit de corps au sein des Forces armées canadiennes et d'amener les Canadiens et Canadiennes à mieux connaître, comprendre et apprécier leur patrimoine militaire.

Le Musée acquiert, interprète et conserve des artefacts témoignant principalement de l’héritage militaire canadien pour des fins de recherche et d’éducation. Le Musée préserve le patrimoine du Lieu historique national du Canada (LHNC) Fort-Saint-Jean, afin que les générations présentes et futures puissent connaître cet héritage et le conserver.